君主治國的要務在于視聽和納諫。在掌握信息方面，諸葛亮融合了法家的手段和儒家的觀念，強調君主明察下情，多方了解。“為政之道，務于多聞，是以聽察采納眾下之言，謀及庶士，則萬物當其目，眾音佐其耳。”從他強調“人君以多見為智，多聞為神”來看，他受申不害、韓非的影響較大，主要偏重于防范“或有吁嗟之怨而不得聞，或有進善之忠而不得信”（《視聽》）。但在納諫方面，諸葛亮又采取儒家觀點，強調納諫對君主的矯正作用。“納言之政，謂為諫諍，所以采眾下之謀也。故君有諍臣，父有諍子，當其不義則諍之，將順其美。匡救其惡。”他特別指出拒諫會導致排擠忠臣，邪佞專政。納諫的責任在君主，“屋漏在下，止之在上，上漏不止，下不可居矣。”（《納言》）
君主察疑，關鍵是區分正邪。看到“紅紫亂朱色，淫聲疑正樂”。察疑目的是解疑，君主要學會明斷，“計疑無定事，事疑無成功”，這又表現出儒家與法家的雜糅。察疑的主導權在上不在下。“不患外不知內，惟患內不知外；不患下不知上，惟患上不知下；不患賤不知貴，惟患貴不知賤。”尤其是決獄行刑，如果無罪而被冤枉，有罪而蒙寬恕，會對社會造成極大危害，招致禍亂。諸葛亮舉例道：“形懼聲哀，來疾去遲，還顧吁嗟，此怨結之情不得伸也。下瞻盜視，見怯退還，喘息卻聽，沉吟腹計，語言失度，來遲去速，不敢反顧，此罪人欲自免也。”（《察疑》）對照諸葛亮在蜀的執法行為，可以說他在仁政和酷法之間把握了恰當的分寸。
治民先要治官。治人的根本是導之風化，而要推行教化先要官得其人。“治人猶如養苗，先去其穢”，即像清除稗草那樣清除害民官吏。親民官吏搜刮過度，會造成饑乏亂逆。勸課農桑要無奪其時，薄賦輕斂要無盡民財（《治人》）。所以，諸葛亮認為，治國之道，務在舉賢，奉行孔子“舉直措諸枉”的思想。他說：“夫治國猶于治身，治身之道，務在養神，治國之道，務在舉賢，是以養神求生，舉賢求安。”“治國之道，舉直措諸枉，其國乃安。”（《舉措》）他特別強調，舉賢要關注隱逸。“夫柱以直木為堅，輔以直士為賢，直木出于幽林，直士出于眾下，故人君選舉，必求隱處。”在現實中的人才，有的才高而湮沒下層，有的卓絕而不愿出仕，有的不同流俗而不得推薦，有的隱居山林以保全志節，還有的被讒言構陷而遭遇不公。一旦“讒邪得志，忠直遠放”，欲求國治而不可得。諸葛亮用十分淺近的比喻說道，入仕如同嫁女，倒貼男家以求嫁出之女，是自失身份的。所以，真正的人才應該由執政者以禮相聘。
在官吏選任上，諸葛亮主張“為人擇官者亂，為官擇人者治”（《舉措》）。對于在職官吏，諸葛亮強調考績黜陟的重要性。“考黜之政，謂遷善黜惡。”君主要做到“進用賢良，退去貪懦”；“勸善黜惡，陳之休咎”（《考黜》）。他從民生出發，列舉了考績黜陟的五個重點，稱為“五苦”：一是以權謀私，“或有小吏因公為私，乘權作奸；左手執戈，右手治生；內侵于官，外采于民，此所苦一也”。二是執法寬嚴不等，“或有過重罰輕，法令不均；無罪被辜，以致滅身；或有重罪得寬，扶強抑弱；加以嚴刑，枉責其情，此所苦二也”。三是放縱惡吏，“或有縱罪惡之吏，害告訴之人；斷絕語辭，蔽藏其情；掠劫亡命，其枉不常，此所苦三也”。
四是任用私人，“或有長吏數易守宰，兼佐為政，阿私所親，枉克所恨，逼切為行，偏頗不承法制；更因賦斂，傍課采利；送故待新，夤緣征發；詐偽儲備，以成家產，此所苦四也”。五是勒索民眾以邀功，“或有縣官慕功，賞罰之際，利人之事，買賣之費，多所裁量，轉其價數，民失其職，此所苦五也”（《考黜》）。這五苦是民之五害，犯者必黜，無犯者必遷，自然政治清明。從諸葛亮列舉的五苦內容來看，其價值取向是儒家的，其管理手段是法家的，是把漢代以來的“霸王道雜之”梳理為制度化建設的思想準則。
考績和賞罰是不可分割的。諸葛亮關于賞罰的基本思想是：“賞以興功，罰以禁奸。賞不可不平，罰不可不均。賞賜知其所施，則勇士知其所死；刑罰知其所加，則邪惡知其所畏。”他特別強調賞罰的公平，所以，尤其要注意“賞不可虛施，罰不可妄加，賞虛施則勞臣怨，罰妄加則直士恨”。與考黜上的“五苦”對應，賞罰上有“五危”：一是“必生可殺”，即對可殺之罪下不了手，如此則“眾奸不禁”，必不可久。二是“必殺可生”，即對可以不殺者痛下殺手，如此則“士卒散亡”，其眾必寡。三是“忿怒不詳”，即意氣用事而不守規則，如此則“威武不行”，見敵不起。四是“賞罰不明”，即賞罰的緣由不夠清晰，如此則“下不勸功”，上無強輔。五是“教令不常”，即規則不穩定而隨意變動，如此則“法令不從”，事亂不理。最嚴重的是“以私為公”，則會導致人有二心，國家危亡。諸葛亮在賞罰上最為注重如何做到人們心服口服，雖死無怨，他強調，賞罰必須規則先行，條件預定。“人君先募而后賞，先令而后誅。”賞罰公正，要做到“賞賜不避怨仇”，“誅罰不避親戚”（《賞罰》）。揮淚斬馬謖，最能體現這種公正觀。要做到賞罰公正，政務無偏，還要控制喜怒。人的喜怒情感不可消除，然而喜要喜當喜之事，怒要怒當怒之情。“怒不犯無罪之人，喜不縱可戮之士”；反過來，“喜不可縱有罪，怒不可戮無辜”。理想的君子，應當“威而不猛，忿而不怒，憂而不懼，悅而不喜”（《喜怒》），如此方可真正建立領導人的尊嚴。
對于民眾治理，諸葛亮強調儒家思想中的“不患貧而患不安”，同時他又用老子的“損不足以奉有馀”來解釋“不均”和“不安”的根源，而關于“躬耕者少，末作者多”的擔憂，還帶有明顯的法家印記。諸葛亮在引用老子的“不貴難得之貨，使民不為盜”時，把緊接著的下句改為“不貴無用之物，使民心不亂”（老子原文為“不見可欲，使民不亂”），把道家的無為變為有為，把儒家的浮飾變為節儉，“各理其職，是以圣人之政治也”（《治人》）。他反復說明倡導儉約、反對奢侈的重要性。以儉治國，是諸葛亮的一個鮮明特色。這一特色，與蜀漢的財政狀況緊密相關。
在管理者自身修養方面，諸葛亮強調正人先正己，身正而影從。“夫釋己教人，是謂逆政；正己教人，是謂順政。故人君先正其身，然后乃行其令。身不正則令不從，令不從則生變亂。”（《教令》）然而，在察人方面，諸葛亮則對法家之術有著深入的正面發掘。他認為，“外傷則內孤，上惑則下疑；疑則親者不用，惑則視者失度；失度則亂謀，亂謀則國危，國危則不安。”所以，術的本質，是以譬喻和推理對事物形成更確切的認知。由此出發，諸葛亮提出了一些普遍性的準則以指導用術。例如，富者得志會導致貧者失時，過于吝嗇會帶來更大耗費，儲藏越多損失也就越多，事多者煩而煩又生于先前之怠。思慮要由近及遠，由表及里，由淺入深，由點到面。管理者不求超凡入圣，只求不懈提升。“洗不必江河，要之卻垢；馬不必騏驥，要之疾足；賢不必圣人，要之智通。”（《陰察》）
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