第九條 由財政部會同有關部門組織地方和中央部門申請可再生能源發展專項資金，具體辦法另行制定。
　　第十條 可再生能源發展專項資金根據項目任務、特點等情況采用獎勵、補助、貼息等方式支持并下達地方或納入中央部門預算。
　　第十一條 資金分配結合可再生能源和新能源相關工作性質、目標、投資成本以及能源資源綜合利用水平等因素，主要采用競爭性分配、因素法分配和據實結算等方式。對據實結算項目，主要采用先預撥、后清算的資金撥付方式。
　　第十二條 項目實施過程中，因實施環境和條件發生重大變化需要調整時，應按規定程序上報財政部和有關部門，經批準后執行。
　　第十三條 資金支付應按照國庫集中支付制度有關規定執行。涉及政府采購的，應按照政府采購有關法律制度規定執行。
　　第十四條 省級財政部門會同有關部門按照職責分工，將本年度可再生能源發展專項資金安排使用及其項目實施情況及時報財政部和有關部門備案。
　　第十五條 財政部會同有關部門對可再生能源發展專項資金使用情況進行監督檢查和績效考評。
　　第十六條 任何單位或個人不得截留、挪用可再生能源發展專項資金。對違反規定，騙取、截留、挪用可再生能源發展專項資金的，依照《財政違法行為處罰處分條例》等國家有關規定進行處理。涉嫌犯罪的，依法移送司法機關處理。
　　第十七條 本辦法由財政部商有關部門按職責分工負責解釋。
　　第十八條 本辦法自發布之日起施行。《財政部關于印發<可再生能源發展專項資金管理暫行辦法>的通知》(財建〔2006〕237號)、《財政部關于印發<生物能源和生物化工非糧引導獎勵資金管理暫行辦法>的通知》(財建〔2007〕282號)、《財政部關于印發<生物能源和生物化工原料基地補助資金管理暫行辦法>的通知》(財建〔2007〕435號)、《財政部關于印發<生物燃料乙醇彈性補貼財政財務管理辦法>的通知》(財建〔2007〕724號)、《財政部關于印發<秸稈能源化利用補助資金暫行辦法>的通知》(財建〔2008〕735號)、《財政部關于印發<太陽能光電建筑應用財政補助資金管理暫行辦法>的通知》(財建〔2009〕129號)、《財政部 科技部 國家能源局關于實施金太陽示范工程的通知》(財建〔2009〕397號)、《財政部 國家能源局 農業部關于印發<綠色能源示范縣建設補助資金管理暫行辦法>的通知》(財建〔2011〕113號)同時廢止。