第一批海上風電特許權招標項目之所以仍未開工，與管理部門重疊不無關系。
　　海上風電的管理部門不僅涉及國家發改委、國家能源局這樣的特許權招標部門，還涉及國家海洋局、地方政府具體管理部門等。只要有一方關系沒有協調好，海上風電這個“新媳婦”就會受到委屈。
　　據悉，2010年，國家能源局聯合國家海洋局制定出臺《海上風電開發建設管理暫行辦法》，明確了兩部門分工，前者負責海上風電開發建設管理，后者負責海上風電開發建設海域使用和環境保護的管理和監督。此外，國家能源局還要求海上風電規劃應與全國和沿海各省（區、市）海洋功能區劃、海洋經濟發展規劃相協調。
　　據了解，此前出臺海上風電相關規劃的國家發改委、國家能源局等部門并不能做出最終的決定，國家海洋局是海域的直接管理部門，國家能源局的風電規劃與海洋區域功能區劃之間缺乏協調溝通，而地方利益在海上風電中也沒有得到體現。
　　施鵬飛指出：“江蘇省的海洋功能區劃變更，海上風電的規劃也要隨之更改，正是這些變化導致部分第一批海上風電特許權招標項目中標的企業暫時沒有開工。”
　　“海域屬國家海洋局管轄范圍，不是國家發改委、國家能源局單方面說了算。”神華集團國華風電公司生產部經理岳躍介紹說，海上風電主要涉及海洋管理方面的三個職責，一是海域使用，二是海洋環境保護，三是海底電纜管道。這其中最重要的就是海域使用問題。
　　與陸上風電多建設在人煙稀少之地不同，海洋“寸海寸金”，東部沿海省份早已對自己轄區內的海域做出規劃。顯然，在生態農業、養殖、旅游以及沿海城鎮經濟諸多選擇中，目前僅能盈虧平衡甚至虧本的風電并不是海洋“聚寶盆”的首選。
　　江蘇省東臺市海洋灘涂與漁業局海域管理科科長方錫進表示，第一輪特許權招標中，魯能集團中標的區域位于東沙、高泥。按照東臺市規劃，原來在該處設有風電建設區，但江蘇省的圍墾規劃中，又將東沙和高泥規劃為圍墾區，面積共計60萬畝。“圍墾規劃區域不能搞風電。”方錫進說，圍墾區的主要功能有三類，生態農業占60%，養殖和生態旅游各占20%。
　　圍墾是江蘇省的重點戰略項目之一。東臺市政府一位工作人員稱，東臺是江蘇省圍墾區的重中之重。東臺位于江蘇省沿海中部，擁有85公里海岸線，2697平方公里海域。江蘇省規劃到2020年圍墾灘涂270萬畝，東臺圍墾比例占到37%。2009年，江蘇省即要求東臺市啟動100萬畝灘涂圍墾綜合開發試驗區工程，東沙、高泥名列其中。
　　方錫進稱，海洋功能區劃設置是征求地方各個部門意見后形成的，魯能的海上風電項目和江蘇省的海洋規劃有沖突，“東臺地方規劃必須服從江蘇省省級規劃”。
　　此外，第一批海上風電招標項目的中標電價過低，以及國產風機故障率過高等因素，也制約著國內海上風電未來的發展。
海上風電經濟效益欠佳
　　實際上，海上風電發展目前不僅僅遇到監管部門之間溝通協調的問題，該行業還面臨著如何盈利這個現實的難題。
　　第一批海上風電特許項目招標的投標價在0.6235－0.737元／千瓦時之間，實際上這一價格已經接近了陸上風電的價格，但是海上風電的投資成本卻是路上風電成本的2倍左右。“目前海上風電尚處于起步階段，風險高、投入大，收益存在不穩定性，很有可能入不敷出。”中投顧問高級研究員李勝茂表示。
　　龍源電力總經理謝長軍表示，各開發商為拿到海上風電的特許開發權，在評標打分規則影響下，中標電價低于預期值，接近于江蘇省陸上風電電價，風電開發商承擔著非常大的壓力。國華能源2010年的海上風電招標投了濱海、東臺兩個項目，報價為0.738元／千瓦時，因為遠高于魯能的0.6235元／千瓦時報價而出局。該公司代表認為，以鹽城海域的資源條件以及海洋條件為例，潮間帶海上風電的電價應該為每千瓦時0.8元／左右，近海項目每千瓦時0.85元－0.9元。