此方案獲得了國務院總理的首肯。回到北京后，黃毅誠再次與籌備組其他成員商量這個方案，也獲得了明確的答復。
　　1988 年4 月，第七屆全國人民代表大會通過了政府機構改革方案，決定撤消煤炭部、石油部、核工業部和水利電力部，成立能源部，由黃毅誠擔任能源部部長。因為組建方案在此之前已經獲得了通過，所以在全國人大批準成立能源部后，組建工作在兩個月內便順利完成。
　　1988 年6 月22 日，能源部在政協禮堂舉行成立大會，黃毅誠發表了重要講話，指明了能源部的工作方針、政策和任務。除了對電力、煤炭、石油、核工業、水電等提出了具體要求外，還闡明了未來能源部下發政策的主體思想。
    首先是保持“雙效”：既依靠改革和政策，促進能源各行業有較快地發展；依靠改革和政策，不斷提高能源企業的勞動生產率和經濟效益。
    其次是能源部的“四管三不管”：一管政策，二管行業發展規劃，三管監督，四管服務；一不直接管理企業，二不直接管錢，三不直接管物資。
   “執行這個政策，實際上是想真正做到政企分開，政府不管企業的人、財、物，不干涉企業的內部管理。”黃毅誠這樣解釋能源部的職責。能源部成立初期，首先將可控性較強、易取得較大成效的工作列為重點。
    黃毅誠認為，在能源產業大發展的前提下，能源企業的建設工期如果能夠縮短，可以有效減少貸款利息，降低工程成本，提前發揮投資效益。按現在的話說，就是“向效率要效益”。
    為此，能源部召開了第一次全國性工作會議，主題就是“把縮短工程建設工期，作為提高能源投資效率的突破口”。為了盡快緩解能源供應的緊張局面，一方面，要千方百計從各個渠道籌集能源建設資金，加大能源建設規模；另一方面，對于已經批準建設的工程，要利用好投資，從項目的設計、施工管理、設備招標等各方面挖掘潛力，盡可能縮短建設工期。
    一項重要政策的出臺，必然會引發各界的討論。
    與黃毅誠思路相左的情況再一次出現。“縮短建設工期，會牽涉到工程質量降低”的聲音屢屢出現。為此，黃毅誠特意與持有這些想法的領導、專家進行了探討：工程建設快了，有可能影響建設質量，但建設很慢的工程，也出現過建設質量不好的實例；相反，建設快的項目，建設質量好的實例也不少，關鍵是看項目建設的領導者如何去管理。
    黃毅誠特意說：“項目建設的快，建設質量好的事例很多，你們能否找一個建設工期快，建設質量不好的例子。”
    后來，還真有人找出了一個例子反駁黃毅誠的觀點。
    某電廠建設較快，第一臺機組只用了24個月發電，但投產后運行不正常，又調整了一年。黃毅誠馬上委派能源部的一位總工程師和一位副司長分別前去調查，發現這并不是建設的質量問題，而是機組設備出了小毛病。